Están formados por 200 islas, de coral y piedra caliza. Las más grandes se unen mediante 42 puentes de la Highway One. En 1960 fueron nombrados, junto con el John Pennecamp Coral Reef State Park, el primer parque marino de EEUU. Actualmente se protegen 18 áreas, que cubren 5 kilómetros del arrecife.
El arrecife va paralelo a las islas a 8 kilómetros de la costa. Se accede a él a través de pequeñas embarcaciones de los centros de buceo locales. En el arrecife interior habitan los manatíes donde submarinistas experimentados bucean entre ellos. Y en el exterior se ven camellones y especies caribeñas.
También existen algunos pecios interesantes que visitar, como el Adolphus Busch Jr.
El ecosistema es tropical, con una temperatura del agua de entre 21 y 29ºC. Se puede bucear todo el año, pero los huracanes pasan de octubre a noviembre.
Es una red de canales creados al atravesar fuentes de agua, la roca porosa de la zona. Este sistema natural de filtrado logra una de las aguas más claras del planeta, con laberintos, cavernas y túneles. Grandes siluros habitan en las aguas, junto con los manatíes de las Indias Occidentales.
Los manatíes son unos animales pacíficos muy grandes: pueden medir hasta 3 metros y pesar una tonelada y media. Viven desde hace mucho tiempo en los canales, pero la influencia humana ha hecho que estén en peligro de extinción. Y aunque bucear con botella junto a ellos esté prohibido, la gran claridad de las aguas, permite un buceo muy interesante en snorkel junto a ellos.
La temperatura del agua oscila alrededor de los 25ºC, y aunque se pueden visitar todo el año, la mejor época para realizar snorkel con los manatíes es de diciembre a abril.