El archipiélago de las Filipinas, formado por 7017 islas posee unas 2000 especies, pero en los últimos años se han destruido numerosas zonas por culpa de la pesca con dinamita y cianuro. Las autoridades locales intentan frenar el problema y en algunas regiones se han puesto en marcha programas medioambientales.
La diversidad a pesar de todo sigue siendo increíble: 22 tipos de vegetación costera, 488 especies de coral, 1499 de crustáceos, y 464 de moluscos. Los lejanos arrecifes de Tubbitaha y Jessie Beazley, aun se mantienen bien, siendo el primero considerado Patrimonio de la Humanidad. En él se pueden realizar inmersiones desde liveaboard, o realizar snorkel en sus aguas poco profundas. El buceo en Northe End mezcla formaciones de camellones con pronunciadas paredes. Las aguas al recibir fuertes corrientes se mantienen cristalinas.
El arrecife Jessie Beazley es una columna de roca que se eleva desde el fondo y en el que se pueden ver barracudas, anguilas marinas, meros y rayas manta.
En las islas Visaya, se encuentra Malapuscua donde se realizan inmersiones con tiburones, donde estos se dejan limpiar por peces limpiadores.
En Puerto Galera, más cercano a la capital, Manila, se puede realizar buceo en el lodo, viendo las diminutas y extrañas criaturas.
En Palawan se pueden ver naufragios japoneses hundidos en 1944 por Estados Unidos.
El lago Barracuda, al que se llega tras una larga excursión por la selva, permite el buceo en un sistema de agua dulce sobre agua salada. La leyenda cuenta que una enorme barracuda guía a los submarinistas.
El ecosistema de las Filipinas en Tropical, con una temperatura del agua de entre 24 y 27º C. La mejor época para bucear es entre abril y noviembre.